No 5 Skuadron ditubuhkan pada 23 Mac 1965 DI TUDM Kuala Lumpur. Di awal penubuhannya, No 5 Skuadron mengoperasikan pesawat ALLOUETTE III. Keanggotaan seramai 14 pegawai dan 55 LLP. Kemudian berpindah ke Pangkalan Udara British di Labuan pada 13 Mei 1965.
Bermula pada 01 Julai 1978, No 5 Skuadron mula mengoperasikan pesawat Nuri. Pesawat Allouette III kemudiannya diserahkan kepada PLTB 2 untuk kegunaan latihan pada tahun 1997.
Pegawai Memerintah No 5 Skuadron yang pertama ialah Sqn Ldr Charles T Walden. No 5 Skuadron banyak terlibat dalam misi operasi dan menyelamat di Pulau Borneo antaranya:
i. Op Long Seridan, Sarawak - Kemalangan pesawat Pioneer pada 1991 mengorbankan seramai 14 orang.
ii. Op Sipitang, Sabah - Kemalangan pesawat Nuri pada 18 Mac 1997 mengorbankan 11 anggota.
iii. Op Bario, Sarawak - Kemalangan helikopter awam (Hornbill) pada 2004 mengorbankan 7 orang.
iv. Op Bakalalan, Sarawak - Kemalangan Nuri pada 2004 mengorbankan 3 anggota.
v. Op Labuan, Sabah - Kemalangan pesawat pejuang Hawk mengorbankan juruterbangnya.
vi. Op Sinyut, Sarawak - Kemalangan pesawat Hornbill pada 2005 mengakibatkan 3 orang terbunuh.
